Активная часть молекулы БТА представлена двумя цепями: легкой и тяжелой. Они соединены дисульфидным мостиком (S-S). В легкой цепи содержится 448 аминокислот, в тяжелой — 848. Существует 8 серотипов ботулинического токсина. Из них 7 обладают тропностью к нервной ткани и поэтому называются нейротоксинами, или нейропротеинами. Ботулинический токсин типа А (БТА) — наиболее активный из них. В клинической практике используются нейропротеины типов А и В. В РФ для клинического применения зарегистрированы только препараты ботулинического токсина типа А.