Установлено, что природный БТА представляет собой комплекс, состоящий из молекулы нейротоксина и нескольких нетоксичных протеинов. Рассмотрим структуру БТА. В естественных условиях БТА синтезируется в виде протеинсодержащего комплекса, имеет в своем составе активную часть — ботулинический нейропротеин, молекулярная масса которого составляет 150 кДа, — и специальные нетоксиновые протеины (NAPs) с молекулярной массой от 350 до 750 кДа, в зависимости от конкретного производителя препарата БТА. Активная часть молекулы БТА (активный нейропротеин 150 кДа) представлена двумя цепями: легкой и тяжелой (соединены дисульфидным мостиком). В легкой цепи содержится 448 аминокислот, в тяжелой — 848.