Понимание строения молекулы ботулотоксина позволяет представить его работу. Ботулотоксин типа А представляет собой крупный протеинсодержащий комплекс, который имеет в своем составе активную часть — ботулинический нейропротеин, молекулярная масса которого составляет 150 кДа, и специальные нетоксиновые протеины (NAPs) с молекулярной массой около 760 кДа, в зависимости от конкретного производителя препарата. Комплексообразующие белки обеспечивает стабильность молекулы . Ботулинический нейропротеин  (активная часть) представлена двумя цепями: легкая и тяжелая (соединены дисульфидным мостиком). Именно эта часть токсина обеспечивает развитие миорелаксации. Как видено из рисунка тяжелая и лёгкая цепи имеют определенные домены, которые в свою очередь играют ту или иную роль в процессе развития блокирования нервно-мышечной передачи. Важно отметить, при попадании в физиологические условия в результате диссоциации нейротоксинового комплекса отделяется активная часть молекулы (активный нейропротеин 150 кДа) и комплексообразующие нейротоксиновые протеины. В процессе распространения/диффузии препарата участвует уже отделившийся свободный нейротоксин 150 кДа (активный нейротоксин), размер которого является идентичным у всех препаратов БТА. Стоит отметить, количество активного нейротоксина (150 кДа) различно для существующих препаратов БТА, более подробно эта тема будет представлена в следующей лекции.